С Вебмастером ты будешь каждый раз заходить проверять, что там изменилось, а Метрика только трафик показывает без позиций в поиске. Удобнее, когда всё в одном месте собрано и не надо по десятку сервисов лазить, чтобы картину увидеть. Ещё важно понимать, какие страницы вообще попали в индекс поисковиков, иногда половина товаров не индексируется и ты теряешь клиентов. Для комплексного анализа сайта можешь использовать этот сервис
https://pr-cy.ru/analysis/ . Он показывает сразу всю информацию по сайту, где проблемы с загрузкой, какие позиции по запросам, есть ли технические ошибки, интерфейс простой и всё наглядно.